據交通運輸部發布，自疫情發生以來，各級海事部門全力做好疫情防控工作。
天津海事局：防止和減少疫情通過水路擴散
一是及時掌控在港船舶疫情信息。建立在港船舶定期輪詢、提示、信息溝通等防控機制，對抵達天津港的每艘船舶詢問上下一港的信息和船員健康狀況，并主動提醒船舶做好疫情防控措施。
二是主動開通防疫物資運輸“綠色通道”。與天津港口集團主動溝通聯系，采取有效措施確保赴武漢方向防疫物資、民生物資、電煤能源等重要物資水路運輸安全暢通;重點關注轄區水域氣象信息，開通“綠色通道”，研究制定重要物資運輸船舶監管方案，優先辦理相關手續。
三是科學劃定疫情船舶海上隔離區。密切配合天津衛健委、海關等部門，對到港客船及來自疫區的高風險船舶開展疫情防控風險排查，制訂疫情應對應急預案，劃定新型冠狀病毒感染肺炎疫情海上隔離區，及時對發現或疑似發生疫情的船舶進行有效隔離并實施重點監控，防止和減少疫情通過水路擴散。
唐山海事局：開辟防疫物資海上“綠色通道”
唐山海事局開辟了防疫物資運輸的海上綠色通道，護航唐山地區防疫物資及時運至一線。
一是科學編排船舶進出港計劃，合理安排“和諧京唐”優先進出港，減少船舶在錨地和泊位等待時間，及時發布船舶動態信息，提醒船方提前做好靠離泊準備，提高船舶離港效率。
二是協調碼頭調整作業計劃，增加相關泊位作業橋吊數量，密切關注裝貨進度，及時調整離港計劃。
三是開設VTS專臺監控跟蹤，對該船實施全過程交通流組織和保障。
青島海事局：疫情防控和安全監管兩不誤
青島海事局督促青島各航運公司根據實際情況為所屬船舶建立疫情防控工作制度和疫情報告處置制度并嚴格落實，為所屬船舶購置口罩、手套、體溫計、消毒劑等必要的防護用品，指導船舶設立專門艙室作為應急情況下的隔離區域，避免船上人員交叉感染。同時，進一步完善船上工作制度，明確船舶在港作業期間，船員無特殊情況不得離船上岸。此外，督促客船或所屬航運公司要與客運碼頭建立乘客疫情防控制度，協同港航、公安、衛生部門做好旅客體溫檢測工作，避免存在疑似病癥的旅客登船。
舟山海事局：100余艘營運客船完成隔離區設置
1月29日，舟山市在航營運客船為107艘，在海事部門的督促指導下，這些在航營運客船均已完成隔離艙室設置工作。舟山海事局與地方衛生防疫部門、港口企業等單位建立聯防聯控機制，并督促航運企業建立了疫情防控工作制度和疫情報告處置制度。同時，根據上級統一部署，督促指導轄區在航營運客船全部設立了專門艙室作為應急情況下的隔離區域，便于疑似病癥人員在船期間留驗、觀察，避免船上人員交叉感染。各營運客船還建立了巡艙制度，相關客運企業也已落實配發口罩和消毒液等防護措施。
溫州海事局：“一斷三不斷”做好疫情防控及保通保暢保運
溫州海事局積極配合衛生健康等單位在客運碼頭、重點貨運碼頭、客渡船等設立流動檢疫站，對駕駛員、乘客進行體溫檢測。督促客運經營者嚴格做好船舶以及客運碼頭的通風、消毒等防疫工作。確保水上交通運輸不中斷。主力船艇對轄區重點航道、錨地等開展巡航檢查，在做好疫情防控的同時，加強水上交通運輸管理，嚴格落實各項運輸服務保障措施，確保水上交通運輸安全平穩有序。保障應急運輸綠色通道不中斷。開通防疫物資運輸“綠色通道”，對電煤、成品油、口罩等應急物資運輸船舶做到“優先安排計劃、優先進出港、優先靠離、優先裝卸”;全力保障裝載電煤、原油、成品油等重點物資船舶的港口作業，保障重點物資貨運船舶停靠。確保群眾生產生活物資運輸通道不中斷。利用信息化手段對油、煤、氣等運輸船舶進出港和裝卸作業全方位動態監控，優先為載有涉及民生物資的船舶開展進港安全監管。
長航系統：構筑群防群治的嚴密防線
在疫情防控阻擊一線，長江航務管理系統各單位結合轄區實際科學防治、精準施策;廣大干部職工堅守崗位、守土盡責，全面落實聯防聯控措施，構筑群防群治的嚴密防線。
長航局：靠前指揮 確保全系統守土盡責
在領導小組的指揮下，長江航運全線各級各部門迅速行動、高效協同、科學防控，切實做到“組織領導堅決到位、責任落實堅決到位、行業疫情防控各項措施堅決到位、系統內部疫情防控措施堅決到位、重點人員管控堅決到位、醫療救治和醫護人員自身防護堅決到位、信息報送堅決到位、后勤保障堅決到位、宣傳與輿情監測堅決到位、應急值班待命堅決到位”。
長江海事：疫情防控物資運輸優先保障
長江海事局啟動突發事件Ⅰ級應急響應，全力以赴做好長江干線船員疫情防控和船員服務。
1月23日10時離漢通道暫時關閉后，長江海事局迅速行動，全力配合衛生健康部門做好進出武漢轄區水路通道管控和疫情聯防聯控工作，對過境船舶做好消毒、通風，船員自我防控宣傳工作。同時，對電煤、成品油、鮮活農產品、應急物資等重要物資運輸船舶做到“優先安排計劃、優先進出港、優先靠離、優先裝卸”。
航道部門：立足崗位保暢通
1月28日，長江江陰航道處向全體職工發出《助力武漢倡議書》，動員全體職工為武漢疫情捐款助力，全處職工積極響應，伸出援手。在長江萬州航道處所轄的270公里航道上，航道職工堅守崗位，確保航道暢通和船舶的安全航行。長江下游的上海航道處成立疫情防控工作專班，各船舶班組因地制宜，迅速傳達上級關于對新型冠狀病毒感染肺炎疫情防控精神，嚴格執行值班值守制度，減少人員流動，做好防護工作。
長航疾控：直面險情 做好疫情防治
疫情發生后，作為疾病防控的第一線，長江航務管理局疾控中心迅速啟動衛生應急處置與醫療救援聯動機制，完善細化行業內疫情防控工作預案，開展科學防控，努力遏制疫情擴散的態勢。
他們做好疫情防控知識普及，結合行業特點，連夜編制宣傳單;他們完善行業疫情應急措施，確保疫情“早發現、早報告、早隔離、早治療”;他們加強物資儲備和供應，想方設法為一線人員籌集緊缺必備的物資;他們開展了長航局、長江航道局、長江海事局等系統內單位及長航總醫院的全院環境消毒工作(包括發熱門診、隔離病房及ICU、感染科等病區等)，總計終末消毒面積達80余萬平方米……
長航白衣戰士成為這次長航系統抗擊疫情的杰出代表。自收治發熱患者以來，作為專家組的組長，長江航運總醫院感染科主任許綠葉全天扎在感染科病房，參與每一個病人的救治，盡最大努力挽救病人生命。為了能夠快速排查發熱疑似病例、及時治療護理患者，“白衣戰士”們一整天都穿著密閉的防護服，渴了抿一口礦泉水潤潤嘴，憋氣、憋尿、流汗成為工作常態;累了，或靠在輸液凳旁瞇幾分鐘，或席地躺一會……
